システム開発におけるバージョン管理方法についての疑問

システム開発を組織で行う倍、設計書などのドキュメントや、

開発したプログラム本体のバージョン管理をしていると思います。

私が働いている組織では、設計書はwordかExcelで作成するのが通常で、

バージョン管理用のシートなどを設けて履歴を管理しています。

設計書の実際の修正箇所は取り消し線を使用して、

過去の設定が分かるようにしています。例えば下記のようなイメージです。

変更履歴が#3だとすると、

Aを設定する→Bを設定する　#3 変更

のように変更します。

このようにして修正するのって、他の組織でも行われているものなのでしょうか？

2回以上変更が加わると、訳が分からなくなるのですが、

私の組織ではこのやり方が定着しており、大半の設計書がものすごく見づらい状態です。

設計書だけならまだしも、プログラム本体も、

変更前のコードはコメントアウトして残す運用となっていて、

古いプログラムだと、コメントアウトされた古いコードや履歴番号で埋め尽くされ、

読み解くのが困難になっているものが生じています。

まずExcelなどにコピーして、古いコードを削除するとよいよと、

上司にアドバイスいただいたのですが、そもそも履歴の管理方法を見直すべきじゃないのかと、疑問に思っています。

古いシステム程プログラムも設計書も邪魔な情報で氾濫し、

保守の負担増を招いていると思います。

設計書であればファイルをバージョンごとに分けるとか、

Excelのバージョン管理機能を使用するとかが可能かなと思います。

プログラムであれば、利用できるバージョン管理ツールはいくらでもあると思います。

とはいえ、設計書もシステムも膨大なので、履歴管理方法を切り替えるだけでも、

莫大な工数を要することになるし、管理方法の精査も必要となると思うので、

仕方なく今のやり方を続けるしかないというのもあるのかな。